É importante saber que somente profissionais capacitados podem indicar a dosagem e a via correta de aplicação da Ozonioterapia. Além disso, o ozônio é um gás altamente instável e nocivo se inalado, necessitando ser gerado de forma precisa com equipamentos específicos, no local do uso.
A principal contraindicação é deficiência da enzima Glicose-6-Fosfato Desidrogenase (G6PD), conhecida como favismo, em função do risco de hemólise. Em casos de hipertireoidismo descompensado, diabetes mellitus descompensado, hipertensão arterial severa descompensada e anemia grave, é necessário que a estabilização clínica dessas situações seja realizada previamente à aplicação da Ozonioterapia.